Hombre, actualmente se suele decir que Herodoto no es una buena fuente, ya que se ha evidenciado que algunas de sus afirmaciones eran erróneas (desde luego, como no tengo al alcance todas las obras al respecto, no puedo decir cuáles son ni qué dicen exactamente, simplemente que es lo que actualmente creen muchos autores).
Puedes leer "Religión y Magia en el Antiguo Egipto", de Rosalie David, donde hay bastante información dedicada a la religiosidad popular basándose en estudios realizados. Dice, entre otras cosas, que del pueblo llano no hay muchas pruebas sobre su fervorosidad religiosa hasta el Imperio Nuevo -incluso comenta que hay una corriente actual que niega el que el pueblo llano fuese realmente religioso hasta la época posterior a la revolución amarniense, pero que ella no está de acuerdo, ya que hay alguna inscripción anterior que muestra que no es así. Por lo demás, habla de que las deidades que adoraba el pueblo no eran habitualmente las mismas que las "oficiales" excepto en contadas ocasiones (Hathor y Ptah y eran los dioses "oficiales" adorados por el pueblo, que prefería rendir culto a Bes, Taweret o dioses menores protectores del hogar, los partos o la muerte). Sus ritos giraban precisamente en torno a ese tipo de acontecimientos, acudiendo sólo a los templos en épocas importantes como las celebraciones de Luxor y Karnak o los festivales de los reyes.
También tienes este artículo de Elisa Castel sobre el pensamiento religioso egipcio, que es muy interesante, y que viene a decir lo mismo:
Tenía alguna otra cosa más, pero no la recuerdo, cuando lo haga, la pondré -últimamente no ando muy lúcida, supongo que los dolores y los calmantes ayudan a ello .