El Museo se fundó en 1867 por Real Decreto de Isabel II. Su creación estuvo motivada por la necesidad de disponer de un museo donde, al igual que en los restantes países europeos, se pudieran conservar, clasificar y exponer los materiales arqueológicos, etnográficos, de artes decorativas y numismáticas que habían reunido los monarcas españoles en la Real Biblioteca, en el Real Gabinete de Historia Natural y en otras instituciones.