Las pistas que hay al respecto de su posible relación con Senenmut se basan en varias cosas:
1- Senenmut era el tutor de la hija de Hatshepsut, Neferura, y suele aparecer con ella en muchas estatuas.
2- Hay una segunda tumba de Senenmut bajo el templo de Hatshepsut en Deir el-Bahari.
3- En las paredes de Deir el-Bahari se encontró un graffitti satÃrico de la época del reinado de Hatshepsut en el que se dibujó a la reina manteniendo relaciones sexuales con Senenmut.
Realmente no se tiene nada seguro, pero en base a estos hechos se ha desarrollado una teorÃa que le adjudica a Senenmut el papel de amante de la reina (más por el dibujo malintencionado que por cualquier otra cosa, ya que Senenmut era un hombre de alto cargo en la Corte).